DNA・タンパク質

脱線続き、我らがMAGO NASHI!

前回は鹿児島県の小宝島で発見された超好熱菌・kodakaraensisや、そいつ由来のKODというPCR酵素を取り上げたりなんかしていましたが、このKODAKARAうんぬんで、ふと、別の日本語名が登場する生命科学ワードを思い出したりなんかもしていました。 まぁ一番有…

脱線その2、我らがKODAKARA!

タンパク質の翻訳の話から、tRNA・アンチコドンの話になり、そこからストップコドンのニックネームの話を経てE.T.に脱線したりもしていましたが、tRNAの方に話を戻しましょう。 あぁでもその前に、「翻訳」ってのも正直「何その用語、外国語を訳すんじゃない…

脱線の脱線、おうち…かえる…

前回はコドン・アンチコドンの話から少し脱線して、ストップコドンのニックネームからアンバー(琥珀)などの話をしていました。 関連小話で、毎度心のこもったコメントをいただけるアンさんから「あぁ!」と思えるネタをいただいていたので、ネタの横流しか…

またちょっと脱線その1、琥珀よ永遠に…

前回の記事ではtRNAの種類について、データベースの表を引っ張りつつごちゃごちゃ語っていましたが、何点か書き忘れていたことを後から思い出したので、まずそれから触れていくとともに、結果的に話が色々広がりそうなので、今回はまた脱線した関連ネタの回…

ダブっていいじゃん

翻訳(タンパク質合成)反応のアニメから、tRNAについていくつかご質問をいただいていました。 改めて再掲させていただきましょう。 いや、この貼り付けてあるアニメは、細かい部分は置いといて、案外イメージできて面白かったんだけれども… 2番目に飛んでく…

幸運をもたらす三つ葉のクローバー、tRNA!

前回の記事では、生きるうえで一番大切というか生物そのものといえるタンパク質を作る反応、翻訳について、GIFアニメをいくつか貼って簡単な流れを見ていました。 …と、そういえば、「Wikipediaのアニメーションが、ファイルサイズが大きすぎてはてなブログ…

翻訳をアニメで学んでみよう

前回はようやく遺伝子のスイッチONについて、例として見ている大腸菌pETシステムでは、単にIPTGというラクトースもどきみたいな分子を大腸菌スープの中にペッと入れてやるだけなのです、なんてことに触れていました。 ちなみにいただいていたご質問に、「ヒ…

スイッチON!そして翻訳へ…

様々な補足知識を経て、またここへ戻ってきました。 これまでの種々の話を飛ばしていたら、正直何のこっちゃ分からん感じだったかもしれないので、結構いい回り道だったかもしれませんね。 改めて、ギザ甘物質ソーマチンを作ろう実験の続き、まずはもう何度…

ターミネーター!\デデンデンデンデデン/

いただいたご質問に触れながら、ちょいちょい補足事項も見ていくことで、DNAやRNAについて、特に転写反応(DNA→RNAステップ)やその制御方法なんかを中心に、大分慣れ親しむことができたのではないかと思います。 そんな所で、そろそろ次のステップへ……と思…

アラ!?せっかくなので脇役にも触れておこう

前回の記事でも引き続きいただいたコメントに触れていましたが、改めてオペロンの話なんかにもなったところで、「大腸菌のよく知られている5つのオペロン、lacとtrpは既に見ていたけど、せっかくなんでもう1つぐらい見ておきまひょか」とか書いていました。 …

もういっちょ細かい点の補足

前回はいただいていたご質問&「何となく理解できてきたかも?!」というコメントをご紹介することで、初学者の方が感じがちに思える疑問点モヤモヤポイントをつまんでおこう、などと嘯いていました。 人によって多少形は違えど、初めて聞いた話で混乱したり…

この機に一気にスッキリさせちゃおう!

ここ何度かのDNAやらRNAやらその辺の補足説明で、「あとちょいでつかめそうなのに、どうもモヤ~っとした感じが晴れん…」とおっしゃられていた、毎度大変ご丁寧なコメントを下さる、この分野は全くの初心者・非専門家でいらっしゃるアンさんから、「ん?何と…

ラック以外にはいないの?

ここ何回かいただいたご質問に補足回答をしている感じですが、そこで触れていたことに関しても改めていくつか、非専門家の立場から見出されていたとても鋭いコメントとして、アンさんから拝受していました。 補足の補足という感じで、今回も続きへ行く前にそ…

改めて流れの補足

前回はプロモーターの認識の話に脱線していましたが、いただいていた質問2つ目、基本的な流れというか全体像の把握みたいなものについての話に戻りましょう。 Q2. まず、あの輪っかの図(プラスミドマップ)が、どいたち何のことかわからん苦手意識があるっ…

補足から脱線:DNAが似てたらどーなる?!

飛び飛びで中途半端な感じになっている、いただいていたご質問2つ目、前提となる補足知識的なものにようやくある程度触れ終えた感じなので、早速続きに参りましょう。 Q2. まず、あの輪っかの図(プラスミドマップ)が、どいたち何のことかわからん苦手意識…

流れの補足:DNAは消えない…!

初めて学んだときは中々にややこしいDNAとかRNAとか何かそういうコマい話を続けていますが、特にここ何回かでプラスミドDNAという、普通に生きていたら巡り会うこともない謎のリングについて、多少深入りして見ていました。 ちょうどその辺の解釈について、…

さらなる補足:逆向いてるやつは要らない子…?

前回の追加質問への補足記事を受けて、「いやもうホンマに申し訳ない…。ど素人の、しょうもない疑問に付き合ってもろて、ブログの進行を中断させてしまってることは事実なわけやさかい…」という恐縮コメントとともに、追って疑問点の補足をいただいていまし…

補足の補足:これでDNAもバッチリ?!

前回はプラスミドDNAマップの向きや考え方について講釈を垂れていましたが、やはりこの辺はマジで複雑怪奇で初学者泣かせな部分であり、改めて毎回温かいコメントをいただけるアンさんから、「前回の質問で勘違いしていたポイントは理解できたと思っちょるん…

ペアの向きについての補足

プラスミドやらオペロンやらについていただいていたご質問が途中でしたが、前回のプラスミドマップの見方についての話で、改めてご質問をちょうだいしておりました。 これ、明らかに説明不足だった点なので、今回もう少し丁寧に補足させていただくとしましょ…

BLAST!

前回はいただいていたご質問の前半、1つ目に触れていましたが、「リプレッサーに結合したラクトースが分解されるというより、くっついたり離れたりしていると考える方がより適切に思われる」という点について、「ちょうどそこがあやふやで、追い質問をしよう…

補足・くっつくのと離れるの

前回はラクトースオペロンの、pETシステムへの応用例なんぞを垣間見ていましたが、まぁこれは大分細かくてそれなりにややこしいわけですけど、一見複雑そうで実は用語さえ整理できたら思いの外単純…というか筋は通っている話になっていることには違いないも…

スイッチのスイッチで厳重管理

引き続き、オペロンとかいう、授業で習わされる割に正直そんなに重要でもない知識を踏まえて、話を進めていきましょう。 前回見ていた通り、大腸菌にはラクトースオペロンと呼ばれる仕組みが存在しており、ラクトース分解酵素遺伝子は、リプレッサーと呼ばれ…

オペロン!

プラスミドに挿入したソーマチン遺伝子DNAをRNAに転写するステップについて何回かにわたり割と不必要なほどに詳しく見ており(といっても、それでも大分簡略化したざっくり説明だったわけですけど、入門編としては不要に思える細かさでした)、さぁ、DNA→RNA…

バブル構造!

DNAやRNAの構造について、全く入門編とはかけ離れたややこしさの話をここ何度かしていましたが、まあまあ、正直だいぶ細かすぎましたしきちんと理解する必要もない内容なんですけど、細かいことはともかく、DNAやRNAは… ・なるべく二重鎖を形成したい性質の…

熱ければ熱いほど震える…

DNAやRNAの構造について、何だかんだかなり細かく、入門編としては正直まるで不要な、少なくとも高校生物を逸脱している話にここ何度か踏み込んでいる形ですけど、まま、そんな話もある…って感じで流し読みしていただければ十分な内容かなとは思うものの、あ…

一本二本、構造の補足

遺伝子のスイッチ→代表的なものは、プロモーターとRNAポリメラーゼ→今回の、一連の実験例で使うのはT7由来のもの…という流れで、特にT7について見ていたとともに、T7に限らず一般的なDNA→RNA(=転写)の仕組みを、簡単な図で紹介していました(遺伝子のスイ…

巨大なものも、折り畳まるよ

前回はDNAやRNAが一本鎖なのか二本鎖なのかといった大きな全体の構造について見始めていました。 続きに進む前に、ちょうど1点また元質問をいただいていたアンさんから追い質問を賜っていたので、簡単にそちらに触れさせていただくとしましょう。 Q. RNAって…

一本?二本?形について簡単に

テラ甘タンパク質・ソーマチンを大腸菌に作ってもらおう実験について、これまで何度も長いことかけて材料となるDNA(ソーマチン遺伝子を組み込んだpET-15bプラスミド)について見てきており、前回はついに遺伝子スイッチであるT7プロモーターをONにする役割…

(遺伝子組換えである)

前回の記事では、長らく名前を出していたのみで中身に触れたことのなかった遺伝子スイッチについて、最もよく研究&よく利用されている(話題のmRNAワクチンもこれを使って作られている!)ものの1つ、T7プロモータースイッチについて見ていました。 続いて…

遺伝子のスイッチとはどんなものなのか

「ギガ甘タンパク質・ソーマチンを合成しよう」ネタももう大分長くなっていますが、前半部ともいえるDNAパートは割と細かい点まで結構見てきた感じで、思いの外色々な点に触れられたように思います。 続いては、「DNA→RNA→タンパク質」の後半部、実際に遺伝…